Какая программа сохранит заполняемый PDF?

У Вас есть правильный синтаксис для замены команды. Но чему необходимо передать diff два имен файлов, не два содержания файла, который является тем, что Вы пытаетесь передать. (Что Вы являетесь на самом деле передающими, на самом деле более сложно, но если Вы записали diff "`jar -tvf org.jar`" "`jar -tvf new.jar`", Вы передали бы два содержания файла.)

Я не думаю, что tcsh имеет способ сделать то, что Вы пытаетесь сделать, не создавая временный файл. В ksh, ударе или zsh, можно сделать это этот путь:

diff <(jar -tvf org.jar) <(jar -tvf new.jar)