Hago referencia a la página de manual de lsof para mi respuesta.

lsof | grep 4300

In the absence of any options, lsof lists all open files belonging to all active processes.

Entonces, este comando enumera todos los archivos abiertos que pertenecen a todos los procesos, ha canalizado su salida a grepbuscando solo los que coinciden con el operando de búsqueda "4300".

lsof -i TCP:4300 

This option selects the listing of files any of whose Internet address matches the address specified in i. If no address is specified, this option selects the listing of all Internet and x.25 (HP-UX) network files.

Con este comando, ha especificado que desea enumerar solo los archivos con una dirección de Internet o una ubicación de red, especificando además que solo desea aquellos que coincidan con el protocolo tcp en el puerto 4300.

Respondiendo a sus preguntas

1. Los resultados de los dos comandos son diferentes en que el primer comando enumera todos los archivos abiertos, pero grep filtra la salida a todas las líneas que tienen "4300". El segundo comando especifica solo archivos abiertos de Internet o de red que usan el protocolo tcp en el puerto 4300.

2. De acuerdo con esta publicación su proceso simplemente podría tener el archivo abierto varias veces. Este no es un comportamiento inesperado de lsof. Definitivamente es su problema y vería qué está haciendo cada uno de esos procesos y por qué necesitan tener varias copias de esos archivos abiertos.

3. Si ha incluido todos los resultados de sus comandos, con el primero hay 3 procesos que tienen sus respectivos archivos abiertos 5 veces. En su segundo comando hay 3 procesos con archivos de red abiertos usando el protocolo tcp en el puerto 4300 y un proceso que está escuchando ese protocolo y puerto.

4. Buscaría en qué se basa cada proceso del pid. Haciendo referencia a esta publicación puede buscar un proceso por pid usando este comando:ps -p -o comm=. Alternativamente, he tenido mucho éxito con ps aux | grep para identificar un proceso.

Conclusión

Desde aquí, deberá buscar si ese es el comportamiento esperado del proceso y cómo remediarlo si es la causa del error inicial.No olvide hacer referencia a cualquier registro con el que se puedan asociar el error y los procesos.

Si hay algún malentendido o pregunta sobre esta respuesta, por favor comente. Editaré esta publicación según sea necesario para mejorar la respuesta.

¡Mucha suerte!