Almacenar los archivos de cada carpeta en matrices:
f1=( /path/to/folder1/* )
f2=( /path/to/folder2/* )
Luego iterar sobre los índices numéricos de las matrices
for idx in "${!f1[@]}"; do
awk... "${f1[$idx]}" "${f2[$idx]}" > "${f1[$idx]}.matched"
done