Puede usar el comando xclip para acceder a los portapapeles si está instalado.
xclip -o # Print the primary selection (highlighted text)
xclip -o -selection clipboard # Print the regular clipboard (ctrl-c from gui applications)
Puede establecer el valor de una variable en la salida de un comando en bash usando acentos graves, p.
clip=`xclip -o -selection clipboard`
Para establecer el valor de $clip en el portapapeles x11