Можете ли вы копировать файлы (в идеале с помощью rsync, но с любыми инструментами с поддержкой сценариев) с сервера A на сервер B, пропуская каталоги, которые уже существуют на целевом сервере, и все файлы, которые они содержат?
Server A
FEED
--CUSTOMER1
----feed_12414.xml
--CUSTOMER2
----feed_6583.xml
--CUSTOMER3
----feed_97334.xml
Server B
FEED
--CUSTOMER1
----feed_new.xml
--CUSTOMER5
----feed_new.xml
Результат должен быть:
Server B
FEED
--CUSTOMER1
----feed_new.xml
--CUSTOMER2
----feed_6583.xml
--CUSTOMER3
----feed_97334.xml
--CUSTOMER5
----feed_new.xml