rsync и cp дают разные результаты

Я обновлял ModX сегодня и пытался объединить новую установку с существующей копией на моем сервере. На своем сайте ModX говорит «объединить каталоги», что, как я предполагаю, означает рекурсивное копирование каждого файла из дерева каталогов новой установки в дерево каталогов существующей, добавляя новые файлы, но не заменяя существующие.

Сначала я попробовал использовать rsync:

rsync -r --ignore-existing  modx-2.5.5-pl/ httpdocs/

И в результате получился беспорядок. Установка была прервана, и мне пришлось заменить ее резервной копией, чтобы моя старая установка снова заработала. Затем я использовал эту команду, которую я получил с веб-сайта ModX:

\cp -fr modx-2.5.5-pl/* httpdocs

На этот раз все сработало отлично.

В чем разница между запущенной мной командой rsync и командой cp? Судя по тому, что мне удалось выяснить, они должны поступить так же.