Невозможно установить xrdp с помощью apt-get в debian 8.5 (tinkeboard os) (Arm)

Ваш код выглядит нормально, но для одной строки.

for filename in *_R1_*.fastq.gz; do AdapterQCTrim & done

Здесь *_R1_*не расширится до того, что вы ожидаете. Пока вы пишете, пары находятся в отдельных каталогах, поэтому для применения функции к подпапкам вам понадобится */_R1_*.fastq.gzв структуре for. Обратите внимание на косую черту. Это следует выполнить в расположении, содержащем вложенные папки. Вы можете убедиться, что это происходит, поставив перед циклом forчто-то вроде этого:

cd theRightDirectory || exit 1

forне разветвлен, кстати. Он выполняется в основном процессе.