(совет на следующий раз) Попробуйте использовать nohup
https://www.computerhope.com/unix/unohup.htm
Вы также можете установить пульс/подтверждение активности на замазке на большее число, чем 0:
https://rbgeek.wordpress.com/2013/03/16/keep-putty-ssh-sessions-from-disconnecting/
Это могло произойти только в том случае, если что-то было записано в файл, когда диск был отключен. Если ничего не смонтировано, система Linux будет видеть папки в / media как обычные папки с обычными файлами в них.
В Linux вполне возможно использовать один каталог как обычный каталог и точку монтирования для дисков или сетевых дисков по одному.
Изменить:
побочный эффект кеширования, упомянутый в другом сообщении, можно решить, выполнив $ sync
перед размонтированием. Они описывают, что кеш очищается после размонтирования, в результате чего файл записывается в обычную папку, как я описывал ранее.
Пожалуйста, не голосуйте против без объяснения причин.