Как зайти на ssh-сервер и перехватить подсказки программно?

Из man du (примечание: это относится к GNU du , что должно быть применимо в вашем случае):

--exclude=PATTERN
       exclude files that match PATTERN

так, например,

sudo du -a --exclude='/mnt/volume-nyc1-01/*' / | sort -n -r | head -n 100

Однако в этом случае лучшим вариантом может быть использование опции

   -x, --one-file-system
          skip directories on different file systems

, например

sudo du -ax / | sort -n -r | head -n 100

(другие команды sudo в вашем конвейере не нужны).