Как мой текстовый файл может внезапно заполниться символами ^ M?

В Debian самый простой способ получить более новые драйверы Mesa - использовать пакеты с обратным копированием; как root:

echo deb http://httpredir.debian.org/debian jessie-backports main > /etc/apt/sources.list.d/jessie-backports.list
apt-get update
apt-get -t jessie-backports install mesa-vulkan-drivers

должно получиться; по состоянию на май 2017 года это установит версию 13.0.6.

Если вы более авантюрны, вы можете попробовать собрать другую версию пакета Mesa самостоятельно:

sudo apt-get install devscripts build-essential
dget http://httpredir.debian.org/debian/pool/main/m/mesa/mesa_17.1.0-1.dsc
cd mesa-17.1.0
dpkg-buildpackage -us -uc

На последнем шаге появится сообщение о недостающих зависимостях сборки, установите их и попробуйте снова.

Наконец, Debian X Strike Force опубликовал инструкции по сборке Mesa из upstream, хотя они ориентированы на запуск локальной сборки только для проверки исправлений, а не для замены установленной Mesa.