После git исчезли папки и файлы

Здесь нет угрозы безопасности. / usr / bin / env должен выбрать соответствующий двоичный файл в соответствии со средой пользователя. Поэтому, если пользователь установил свой собственный bash в ~ / .local / bin , то / usr / bin / env действительно должен попытаться использовать его (они может, например, скомпилировать версию с дополнительными функциями, которые недоступны в общесистемной версии, и предпочел бы использовать ее вместо общесистемной версии). То же самое и с любым другим двоичным интерпретатором. Нет никакого риска для безопасности, потому что пользователь не сможет запустить то, что он все равно не смог бы запустить.

Что касается того, почему замена не работает в вашем случае, я сомневаюсь, что это имеет какое-либо отношение к / usr / bin / env . Попробуйте запустить PATH = ~ / .local / bin bash , PATH = ~ / .local / bin bash (как это будет вызываться при запуске script) и PATH = ~ / .local / bin / usr / bin / env bash и посмотрите, какой из них не работает. Это должно дать представление о том, к чему относится ошибка «файл не найден».