Быстрое решение с вашим образцом входного файла (я копирую / вставляю ваши входные данные в локальный файл с именем c2.txt). Оно не было протестировано при всех условиях на предмет возможных сбоев, но вы можете попробовать и посмотреть, удовлетворяет ли вас результат.
$ paste -d"," <(grep -E '[0-9]' c2.txt) <(grep -E '[a-z]' c2.txt)
1,a
2,b
3,c
9,y
10,z
На самом деле я перебираю один и тот же файл дважды. Один для чисел, другой для строк и вставляю их вместе.