Как мне установить несколько IP-адресов на интерфейсе в systemd?

Это может показаться очевидным, но все элементы используют один и тот же пул NTP в качестве опорного, верно? Вы убедились, что все ваши конфигурации верны? Опять же, очевидно, но пришлось спросить. Мои серверы на работе используют стандартный ntp.pool.gov или что-то еще, но мои системы всегда на шесть минут отличаются от нашего офисного интернета, управляемого нашим ИТ, но ИТ уверяет меня, что их инфраструктура синхронизирована по NTP так же, как и мои конфигурации. Совпадение? Да, вероятно. FWIW, я бы сказал, что DopeGhoti на правильном пути. Какой версии ваш Pi? У меня перед глазами более старая плата RasbPi B+ v1.2, и я действительно проверил ее на наличие резервной батареи, чтобы убедиться, что именно с ней изначально не происходило отсчета времени (а это не так). Как вы удостоверились, что время на вашем linux-сервере было правильным, когда добавлялись журналы? Должна быть команда touch (я думаю), которую можно использовать для получения дельты.

Также - что мигало на вашей плите, микроволновке и всех остальных цифровых часах в доме, когда вы пришли домой :)

EDIT: Это маловероятно, но проверьте свои Pi и дистрибутив linux на наличие fake-hwclock.