Нужны ли мне как минимум 3 машины для работы с CoreOS?

Отсутствующее (серое) пространство на вашей диаграмме - это 5%, зарезервированных вашей файловой системой.

• 5% от 61,5 ГБ = 3,1 ГБ
• 56,7 ГБ + 1,7 ГБ + 3,1 ГБ = 61,5 ГБ

Есть очень хороший ответ на аналогичный вопрос: Зарезервированное пространство для root в файловой системе - почему ? , что объясняет причину этой оговорки. Он также дает команду, которая уменьшит процент резервирования, но я настоятельно рекомендую вам не изменять ее, если вы не поймете и не примете проблемы, которые могут возникнуть в дальнейшем.