Как можно отслеживать использование Swap?

Я использую зашифрованный ключ GPG для корневой файловой системы и незашифрованный файл ключа в корневом разделе для дешифрования подкачки.

Означает ли это, что вам нужно смонтировать корневую файловую систему, чтобы иметь возможность расшифровать своп? Если да, скорее всего, это может быть причиной ваших проблем. Вам не разрешен доступ (запись) к файловым системам в спящем режиме (потому что они «все еще смонтированы» спящей системой).

https://www.kernel.org/doc/Documentation/power/swsusp.txt

 * BIG FAT WARNING *********************************************************
 *
 * If you touch anything on disk between suspend and resume...
 *              ...kiss your data goodbye.
 *
 * If you do resume from initrd after your filesystems are mounted...
 *              ...bye bye root partition.
 *          [this is actually same case as above]
 *

Гибернация - это очень рискованный бизнес, в основном вы должны надеяться, что какой бы ни был ваш вариант Initramfs, чтобы правильно обрабатывать все случаи. Лучше всего использовать простой раздел подкачки, доступный без каких-либо махинаций.