Пул NTP предоставляет только записи IPv4?
В этом случае ядро выбирает на основе метрики: более низкая метрика выигрывает. (Выбор маршрута основан на специфичности маршрута, административной стоимости и метрике в указанном порядке. Оба шлюза по умолчанию имеют одинаковую специфичность и административную стоимость.)
Чтобы изменить выбор, лучше всего изменить метрику маршрута.
Некоторое время назад это появилось в списке рассылки ntp и действительно некоторые серверы теперь доступны через IPv6, а не pool.ntp.org, как вы сами заметили:
$ host -t aaaa pool.ntp.org
pool.ntp.org has no AAAA record
$ for i in {0..3}; do host -t aaaa $i.pool.ntp.org; echo; done
0.pool.ntp.org has no AAAA record
1.pool.ntp.org has no AAAA record
2.pool.ntp.org has IPv6 address 2001:470:b:862::10
2.pool.ntp.org has IPv6 address 2600:3c00::e:d0bb
2.pool.ntp.org has IPv6 address 2600:3c03::f03c:91ff:fe67:49e9
2.pool.ntp.org has IPv6 address 2001:470:0:2c8::2
3.pool.ntp.org has no AAAA record
Предлагаю еще раз спросить в списке рассылки о планах развертывания IPv6.
Со дня IPv6 (в 2011 году )IPv6 был на всех 2. доменах пула NTP. Итак, 2.pool.ntp.org и все домены 2.[area].pool.ntp.org. например. 2.uk.pool.ntp.org, который я использую.https://news.ntppool.org/2011/06/experimentally-enabling-ipv6/https://news.ntppool.org/2011/06/continuing-ipv6-deployment/