Duplicity: switch to "secondary backup chain"

Да, cp может изменять структуру файловой системы, но обычно это не должно быть замечено программами, поэтому файлы никогда не должны быть повреждены. Это происходит с разреженными файлами: файлы с отверстием внутри, поэтому, чтобы не занимать слишком много места, файловая система не сохраняет содержимое части отверстие .

cp имеет параметр - sparse :

По умолчанию разреженные файлы SOURCE обнаруживаются грубой эвристикой, и соответствующий файл DEST также становится разреженным.Это поведение, выбранное параметром - sparse = auto . Укажите - sparse = always , чтобы создать разреженный файл DEST, когда - когда-либо файл SOURCE содержит достаточно длинную последовательность нулевых байтов. Используйте - sparse = never , чтобы запретить создание разреженных файлов.

Примечание: если целевой жесткий диск поврежден, cp может создать поврежденные файлы, но никогда специально.