Какие самые строгие настройки внешнего брандмауэра / порта прослушивания DNS я могу установить для своего DNS-сервера (только для внутренних клиентов)

Файлы в /etc/apt/sources.list.d учитываются, только если они имеют расширение .list . Все остальное игнорируется с сообщением, которое вы видите.

Что касается того, почему у вас отключены эти файлы, я не знаю, есть ли у кого-нибудь здесь ответ ...