Если входной файл имеет два столбца, в каждой записи есть два поля (NF равно 2), и цикл for выполняется для i = 1 и i = 2 и каждый раз вызывается печать.
'{for (i=1; i<= NF; i++) { if($2 < 2000) { print $1,0,$2} else {print $1,$2-2000,$2 } }}'
Просто удалите петлю.