Вы можете делать это по одному:
for f in 1x01*; do
n=`echo $f | sed 's/^1x01/S01E01/'`
mv $f $n
done
Вы можете изменить разрешение на монтирование папок, чтобы другие пользователи могли получить к ним доступ.
chown -R user:group <folder name>
P.S Смонтируйте папку на раздел перед запуском chown.