Недостатки установленных пакетов (кроме использования дискового пространства и «беспорядка» файловой системы)?

Я могу вспомнить некоторые недостатки:

• конфликтующих пакетов: например, вам запрещено устанавливать как postfix , так и sendmail в одной системе Debian.
• Пакеты, запускающие серверы по умолчанию (например, ntp ). Это откроет ненужные серверы в системах, которым эти серверы не требуются. Конечно, вы можете отключить их, оставив пакет установленным, но это кажется более рискованным и трудоемким.
• Отсутствие некоторых пакетов для определенных архитектур, препятствующих полностью унифицированной установке - вы уже думали об этом.
• Ограниченное дисковое пространство на небольших (встроенных?) Системах не позволяет разместить все пакеты.

+1 к установке единой системы для вырезания печенья в целом!