Как вы знаете, когда вы переходите в спящий режим, он сохраняет содержимое памяти (большую ее часть) в раздел подкачки. Похоже, что этот раздел используется двумя экземплярами ОС.
Возможным решением может быть использование файла подкачки для того, который вы хотите перевести в спящий режим (при условии, что вы не хотите создавать другой раздел подкачки). Для этого есть несколько дополнительных опций, см. Здесь: https://wiki.archlinux.org/index.php/Power_management/Suspend_and_hibernate#Hibernation_into_swap_file
Это дает вам преимущество наличия отдельного файла только для спящего режима и используйте раздел только для подкачки.