Это не имеет ничего общего с вашим эмулятором терминала.
mysqldump -u root -p sis --default-character-set = latin1> sis3.sql
mysql -u root -p "pwdpwdpwd" --default-character-set = utf8 sis
Импортируйте файл, используя ту же кодировку, с которой вы его экспортировали.
То, что вы видите в экспортированном файле, зависит от настроек инструмента, который вы используете для его просмотра. Не путайте проблему - посмотрите, как mysql интерпретирует данные. Если ваша резервная копия огромна, поэкспериментируйте с меньшим набором данных.
Предположительно это openssh? Пока вы не используете какое-либо другое программное обеспечение в середине, файл не будет изменен при передаче. Вы можете проверить это с помощью md5sum или аналогичного.