sed -i.bak -r 's/ AA$/ 2/;s/ (AB|BA)$/ 1/;s/ BB$/ 0/' input
- i.bak
на месте редактирование и создание резервной копии исходного файла как input.bak
-r
расширенный синтаксис регулярного выражения s / AA $ / 2 /
заменить конечный символ последовательность «AA» с 2 (AB | BA)
либо AB, либо BA ;
разделяет различные операции замены