Как отключить службу в systemd?

Можно добавить границы слов, и изменить на \. (чтобы соответствовать буквальным периодам, а не любым символам)

sed 's/\b72\.16\.90\.12\b/#&/g'

Также обратите внимание на использование &, чтобы избежать дублирования замены. Модификатор g в данном контексте, вероятно, тоже не нужен, поскольку адреса хостов у вас по одному в строке.