Мышь и клавиатура не работают при одновременном использовании

Разница между приведенными вами версиями заключается только в разных именах файлов/аргументах.

Дифференцирование вариантов более или менее одинакового кода с помощью "ifdef"-подобных структур обычно не является лучшим способом, так как это приводит к трудноразрешимому и дублирующемуся коду.

В вашем примере можно, например, использовать переменные оболочки (и одно небольшое if ... ; then предложение) для переключения между двумя вариантами:

 #call the script with -2 to switch to the second version.
 if [ "$1" = "-2" ]; then
           firstfile="newblank.pdf"
           secondfile="newblank2.pdf"   
 else
           firstfile="blank.pdf"
           secondfile="blank2.pdf"   
fi

echo "" | ps2pdf -sPAPERSIZE=a4 - "$infile"
cp "$firstfile" "$secondfile"

pdftk \
    "A=$firstfile" `#first file` \
    "B=$secondfile" `#second file` \
    cat A B \
    output b.pdf

Если вы хотите иметь несколько вызовов одного и того же кода с незначительными изменениями, вы можете рассмотреть возможность определения функций и вызова их с разными аргументами.