Нет доступа пользователя к общим библиотекам

При использовании PHP-FPM у вас нет конфигурации PHP в Apache, кроме директив, используемых для сопоставления запроса для PHP файлов в серверную службу FPM ( ProxyPass или RewriteRule с флагом [P] )

php_value является директивой реализован mod_php и поэтому может использоваться только в установках, которые используют сам mod_php .

Обратитесь к документации PHP-FPM для получения подробной информации о том, как воспроизвести эту функциональность.

В остальном у вас, похоже, имеется несоответствие версии пакета PHP , которое необходимо сначала устранить. Похоже, обновление с php-fpm до версии 5.5 не поддерживается, поэтому вам нужно будет либо использовать тот, который у вас установлен, либо решить проблему вручную.