Не могу подключиться к моему веб-серверу по моему собственному IP-адресу

Вероятно, он пишет в stderr (файловый дескриптор 2) вместо stdout (файловый дескриптор 1, по умолчанию). > имя_файла (которое также можно записать как 1> имя_файла ) перенаправляет стандартный вывод в файл. Вы можете сначала перенаправить stderr на stdout , например:

gatk-picard.sh 2>&1 > log

, либо записать stderr в отдельный файл, например:

./gatk-picard.sh 2>log_err >log_out