Вы можете использовать awk для создания системной команды для выполнения
find * -mindepth 5 -maxdepth 5 -type d | awk -F"/" '{system( "cd "$0"; zip -rF "$NF".zip *")}'
-F
разбивает строку на /, $ 0
представляет собой полную строку, а $ NF
содержит ваше фактическое имя каталога. Popd не требуется, поскольку системная команда выполняется в своей собственной оболочке, а родительская оболочка остается в текущем рабочем каталоге.