Откат установки не должен выполняться путем восстановления содержимого файловой системы, поскольку это обычно влияет и на другие установленные пакеты. В качестве облегченной альтернативы виртуальной машине вам может потребоваться докер, который можно использовать для разделения разных сред пользовательского пространства для разных приложений. Образы Docker строятся из определений, подобных Makefile, вероятно, сравнимых с puppet (я никогда не работал с этим). Он легкий, поскольку ядро разделяется между хостом и гостями. Попробуйте!