-T
может вызвать сбой, если каталог существует неправильно для каким должен быть файл назначения:
$ mkdir mustbeafile
$ touch afile
$ cp -T afile mustbeafile
cp: cannot overwrite directory `mustbeafile' with non-directory
$ echo $?
1
$ cp afile mustbeafile
$
То есть, вместо успешного-при-неожиданном-копировании-в-подкаталог, происходит предупреждение и статус выхода «нехороший», что может затем привести к прерыванию сценария и человеческому проверить, почему существует каталог, которого не должно быть.