Как я могу начать обработку файла в Makefile до того, как он завершит сборку?

sed кажется правильным инструментом:

sed -i '/radius-server/!b;n;n;d' filename

Как это работает:

/radius-server/!b # as long as it's NOT 'radius-server' do nothing (branch to end)
n # read next line (replace current line with next line)
n # same as above - we now read 2 lines
d # delete the current line

ОБНОВЛЕНИЕ - для изменения нескольких файлов просто используйте glob вместо имени файла, например

sed -i '/radius-server/!b;n;n;d' *