Fluxbox, как запустить некоторые приложения в определенной рабочей области при запуске

-ne только означает "не равный", когда это находится в if [ … ] оператор. В этом случае -ne опция к echo. Вы могли столь же легко использовать -en.

От bash(1):

Если -n указан, запаздывающая новая строка подавлена. Если -e опция дана, интерпретация следующих оставленных из обратной косой черты символов включена.

В этом примере нет никакого сравнения. Просто echo.