Если это происходит из-за расписания, попробуйте запустить приложение с другой политикой планирования (политика «реального времени», поддерживаемая для специальных критически важных по времени приложений):
sudo chrt prio ./your-app
В моей системе prio — это число от 1 до 99. И это рекомендация: 2 - 49 Диапазон, используемый для типичных приоритетов применения. Вот пример:
sudo chrt 49 ./your-app