Что делать, чтобы запустить сценарий в определенное время без cron?

У вас есть файл с именем 1 в каталоге, в котором запущен скрипт.

Как MelBurslan прокомментировал, [] имеет специальное значение для оболочки, но оно не имеет отношения к регексам: оно просто означает "один символ, взятый из любого символа между скобками". Поэтому, когда вы выполняете

echo 15:56:14,965 [,PCC12345678(PSI12345678),,]

оболочка ищет файл с именем ,, или P, или C, или 1... Если хотя бы один файл совпадает, [,PCC12345678(PSI12345678),,] заменяется всеми совпадающими именами файлов в выводе; в противном случае воспроизводится как есть.

Если вы удалите файл 1, старое поведение должно восстановиться. Вы можете исправить сценарий, защитив $line:

cat /var/tmp/file | while read line
do
echo "$line"
done