Теги Provides:
не имеют ничего общего с проблемой ea-apache24-2.4.18-1.1.x86_64 conflicts webserver
. Пакет ea-apache24 имеет тег Conflicts: webserver
, который и вызывает это. Что, на мой взгляд, не очень умно, поскольку по умолчанию почти все веб-серверы могут быть установлены параллельно. И не совсем понятно, почему вы установили apache из какого-то внешнего репозитория, когда вы можете получить то же самое без таких проблем из базовых репозиториев CentOS.
Chroot в новую скопированную установку и запущенное обновление -initramfs сделали свое дело.