Уничтожает ли pvcreate все данные в разделе?

У вас должен быть репозиторий с правильной структурой, который должен быть создан и подписан с помощью соответствующих инструментов. Вот несколько руководств, которые могут помочь вы в этом, Вопросы о репозитории Ubuntu