Решение Perl:
perl -ane 'print map "$F[0] $_\n" ,split(",",$F[1])' file
1 a
1 b
1 c
2 z
3 d
3 f
Ну, это было интересно. Исходя из предложений в комментариях, это удалило проблемный каталог, где прямой rm -rf store
не выдавал сообщения об ошибке, но не удалял:
cd /rpool
mv store junk
rm -rf junk
Я понятия не имею, почему это должно было сработать, если другое не сработало.