Вот
awk '{for (i=2; i<=NF; ++i) print $1, $i}' file
A B
A C
1 2
1 3
1 4
Похоже, что я удалил не все файлы, которые принадлежали неудачной резервной копии. Теперь, когда я их удалил, резервное копирование возобновилось как обычно.