rsync с полными путями и, исключая подпути

Следующее должно сделать то, что Вы хотите:

rsync --recursive --prune-empty-dirs --include '*/' --include '*/B/**' --exclude '**' origin_path/ destination_path/

Первое правило включает все каталоги (иначе rsync, не будет убывать в высокоуровневые каталоги). Второе правило включает все в "B" подкаталоги. Третье правило исключает все остальное. --prune-empty-dirs опция игнорирует пустые каталоги (так как мы включаем все каталоги с первым правилом).