ETA: Я ошибался; это не машина с SMB Windows, а машина, на которой выполняется сборка QNAP Linux 3.2.26 (которую avahi-discover подбирал как Windows).
Оказалось, что сетевой диск SMB Windows-машина (я ошибочно подумал, что это Linux) (см. ETA), а процесс блокировки файла выполнялся Windows. Я не учел, что lsof и fuser возвращают процессы только для той машины, на которой они работают (то есть моей локальной машины, а не сетевого диска :).
На сетевом диске не было включено ssh, и smbclient не позволил мне отменить блокировку, поэтому я попросил нашего сетевого администратора перезагрузить диск. Процесс был прерван, и я смог удалить файл.
(Для справки: я использовал avahi-discover, чтобы получить ОС сетевого диска и другие детали.)
Реквизит @derobert за то, что он указал мне направление серверных процессов.
Это происходит из-за того, что выполняемый вами сценарий не имеет доступа к вашему ключу. Это также не должно работать, если вы это сделали:
ssh -A remote1 'rsync -e "ssh remote2 ssh " remote3:/file .'