Предполагая следующее:

• wave_func.out— исполняемый двоичный файл. В отличие, скажем, от файла данных.
• Он установлен на вашем компьютере с Ubuntu в текущем рабочем каталоге.
• Входной файл w1.inнаходится в текущем каталоге.
• Лицензия на программное обеспечение позволяет вам запускать его на вашем компьютере.
• все его зависимости доступны на вашем компьютере с Ubuntu.
• ваша учетная запись на компьютере с Ubuntu использует bash в качестве оболочки

Тогда должна работать следующая команда.

./wave_func.out <./w1.in >./w1.out 2>&1

Удачи!