KDE Dolphin перестал использовать иконку папки для обычных папок

Вероятно, вам понадобится флаг -w - от man grep

   -w, --word-regexp
          Select  only  those  lines  containing  matches  that form whole
          words.  The test is that the matching substring must  either  be
          at  the  beginning  of  the  line,  or  preceded  by  a non-word
          constituent character.  Similarly, it must be either at the  end
          of  the  line  or  followed by a non-word constituent character.
          Word-constituent  characters  are  letters,  digits,   and   the
          underscore.

т.е.

grep -wFf patfile file
denovo1 xxx yyyy oggugu ddddd
denovo22 hhhh yyyy kkkk iiii

Чтобы обеспечить соответствие только в первом столбце, вам нужно будет изменить записи в файле шаблона, чтобы добавить привязку строки : вы также можете использовать \ b привязка слова вместо параметра командной строки -w , например в patfile :

^denovo1\b
^denovo3\b
^denovo22\b

затем

grep -f patfile file
denovo1 xxx yyyy oggugu ddddd
denovo22 hhhh yyyy kkkk iiii

Обратите внимание, что вы должны удалить переключатель -F , если файл содержит регулярные выражения вместо простых фиксированных строк.