Простой цикл сделает свое дело:
for((i=1;i<32;i++));do cat chr$i.txt | sed 's/.\{5\}/& /g' > output$i.txt; done
Вы можете использовать sed
sed -i 's#dockerCmd#docker run -v /doesnt/exist:/foo -w /foo -i -t ubuntu bash#g' file
Опции
-i
редактировать файлы на месте
s#
Замена, используемая для замены
#g
Глобальный флаг, если вы получаете более одного результата в строке, все они будут изменены.