Получение файла по последовательному порту без кермита и lrzsz

Я цитирую здесь изменения в комментариях и совместное редактирование для kill процесс. Для начала вам нужно удалить и из определения имени запускаемой службы.

Чтобы идентифицировать процесс, который нужно остановить, поскольку при запуске добавлен интерпретатор, удобно использовать PID. Таким образом, ваш сценарий может быть изменен следующим образом:

#!/bin/bash
# shell script to ...
set -e

#set the full path to the programs we need to use
NTOP=/opt/bash_scripts/start-up-superscript
PIDFILE=/var/run/start-up-superscript.pid
case "$1" in
        start)
            echo "Starting SDD Install..."
            start-stop-daemon --start --quiet --oknodo --exec $NTOP --pidfile $PIDFILE -m
            ;;
        stop)
            #kill ntop
            echo "Stopping SSD..."
            start-stop-daemon --stop --quiet --pidfile $PIDFILE
            ;;
        restart)
            $0 stop
            $0 start
            ;;
        status)
            ;;
        *)
                echo "Usage: $0 {start|stop|restart|status}"
                ;;
esac

Таким образом, запуск и остановка всего процесса должны работать так, как вы хотите.