Есть ли файлы, созданные и или расширенные системой, кроме почты и журналов?

Вы можете попробовать

sudo dpkg-reconfigure transmission-gtk

И, если это не поможет, полностью удалить его и установить заново:

sudo apt-get purge transmission-gtk && sudo apt-get install transmission-gtk 

Это также может быть вызвано чем-то в настройках вашего пользователя. Попробуйте переименовать каталог конфигурации transmission:

mv ~/.config/transmission/ ~/.config/transmission.old