Я рекомендую вам внедрить программное обеспечение для управления конфигурацией, такое как Ansible, Chef, CFEngine и т.д. См. также эту статью Википедии.
chroot принимает команду, поэтому я бы поместил соответствующие команды в сценарий и запустил этот сценарий в качестве аргумента chroot.