Как я могу сказать своему ядру не размещать внешние диски раньше внутренние?

Вот еще один sed :

sed '1!s/  *./&\t/;t
       s/a.*e/&1 &2/          
'    <infile >outfile

Вам может потребоваться использовать фактический символ вместо к использованной здесь экранизации \ t .

Это работает, если столбцы разделены на пробелы. Если на самом деле это символы, разделяющие столбцы, то это нужно немного изменить.

sed '1!s/\t./&\t/;t
       s/a.*e/&1 &2/          
'    <infile >outfile

... с теми же примечаниями, что и раньше, о необходимости использования буквального символа вместо экранирования обратной косой черты \ .

Id      allele1 allele2 id
30      T       C       12
211     G       G       12
327     A       A       13
688     T       C       15
760     T       T       18
868     C       C       90