Как иметь несколько конфигураций рабочего стола с одним и тем же пользователем

Единственный способ сделать это - заменить сам rm.

Существует сценарий-обёртка для rm, который якобы обеспечивает безопасный rm, который можно найти на LaunchPad. С этой страницы:

Safe-rm - это инструмент безопасности, предназначенный для предотвращения случайного удаления важных файлов путем замены /bin/rm на обертку, которая проверяет заданные аргументы по настраиваемому черному списку файлов и каталогов, которые никогда не должны быть удалены.

Единственная проблема, которую я вижу, заключается в том, что ваш "опасный" пример rm запускается с полным путем, /bin/rm. Поэтому вы не можете поместить этот сценарий-обертку в каталог ранее в вашем $PATH, и пусть он будет найден, когда вы запускаете rm, и иметь развернутый "нормальный" rm, доступный при наборе полного пути, /bin/rm, как вы делаете выше.