что это правило в / etc /pam.d/system-auth?

Назначение xorg.conf.d - просто позволить вам разделить несвязанные разделы конфигурации в разные файлы, при этом все они применимы. Все, что написано в любом из них, будет проанализировано, как если бы все они были объединены в один xorg.conf . Можно поместить свое дополнение в 00-keyboard.conf (поскольку оно работает с клавиатурой, вроде того), или вы можете создать новый файл в том же каталоге ( 10-novtswitch .conf , возможно) и поместите его туда.